이석기 전 의원 등 핵심 인사 7명이 기소된 형사사건 재판에서는 RO 모임을 '비밀 결사 조직'이 아니라 '반전 평화 활동의 진행 방향 모색을 위한 당 차원의 행사'라고 주장했다. 하지만 이석기 전 의원 등 7명의 형사 1심 재판을 맡은 수원지법은 이 주장을 배척하고 "비밀 결사 조직인 RO 조직원들이 내란 음모를 도모하는 비밀 회합"이라고 판단했다.

하지만 서울고법(2심)은 당 차원 행사라고 판단했다. 서울고법은 "RO 조직의 실체에 대한 증거가 부족하다"며 내란 음모 혐의에 대해 무죄를 선고하고, 대신 이 전 의원 측의 주장을 일부 받아들여 "피고인(이석기) 주장대로 공적(公的)인 정당 모임에서 이런 사건이 발생한 데 문제의 심각성이 있다"고 밝혔다. 결국 '정당의 행사'라는 주장이 이 전 의원의 일부 무죄 및 감형에는 기여했지만 거꾸로 정당 활동의 위헌성을 가리는 해산 심판 청구에서는 자승자박(自繩自縛)이 된 셈이다. 물론 헌재는 "RO 사건에 대한 형사적 평가와 정당 해산 심판의 '민주적 기본 질서 위배'는 판단 기준이 다르다"는 입장이다.

2007년 민노당 간부가 북한 공작원에게 포섭된 '일심회' 사건에서도 관련자들을 감싸는 당내 주도 세력 자주파(NL)의 태도로 결국 심상정, 노회찬 등 평등파(PD) 인사들이 탈당해 진보신당을 창당하는 분당(分黨) 사태까지 갔다. 헌재는 "통진당은 그간 공당으로서 당내 북한 추종 세력의 활동을 묵인하고 때로는 장려하기도 했으며, 외부로부터 비판이 가해질 때는 그들의 이념과 정당성을 옹호해 왔다"고 지적했다.